В декабре 1937 г. Хоутерманс был арестован, подвергнут пыткам, оговорил себя в том, что был «троцкистом» и «немецким шпионом», чтобы спасти Шарлотту, не зная, что ей удалось уехать сначала в Данию, затем в Великобританию и потом в США.
После заключения пакта Молотова-Риббентропа в августе 1939 г. Хоутерманс был передан гестапо в мае 1940 г. и помещён в тюрьму в Берлине. Благодаря усилиям М. фон Лауэ Хоутерманса освободили в августе 1940 г., после чего он поступил на работу в исследовательскую лабораторию электронной физики, — частную лабораторию Манфреда фон Арденне в Лихтерфельде, пригороде Берлина.
Хоутерманс был женат 4 раза. В первый и третий раз он был женат на Шарлотте фон Рифеншталь; в браке родились дочь Джованна (Берлин, 1932) и сын Ян (Харьков, 1935). В первый раз брак был расторгнут по принуждению нацистов в 1943 г. в связи с выходом нового закона (в это время Шарлотта находилась в США). В феврале 1944 г. Хоутерманс женился на химическом инженере докторе Ильзе Барц; они сотрудничали во время войны и опубликовали совместную работу «Ядерный фотоэффект в бериллии». В этом браке родилось трое детей — Питер, Эльза и Корнелия. В августе 1953 г., вновь в присутствии Паули как свидетеля, вновь был заключён брак с Шарлоттой Хоутерманс, который распался уже через несколько месяцев. В 1955 г. Хоутерманс женился на Лоре Мюллер, сестре его сводного брата Ханса; на церемонии свадьбы присутствовала её 4-летняя дочь от первого брака. В этом браке в 1956 г. родился сын Хендрик.