Следующий очевидный шаг - сделать Яндекс Единственным Правильным Браузером, и положить в него ФСБшный сертификак как корневой. И больше никто ничего спрашивать не будет. Ну и, кстати, перехватив соединения с источниками остальных браузеров, запросто можно установить ФСБшный сертификат в корневые при обновлении.